เป็นปัญหาที่ต้องใช้เวลาถกกันยาวนาน มาตลอด ระหว่าง "รฟม.-การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย" กับ "กทม.-กรุงเทพมหานคร" กับการขอใช้พื้นที่สร้างรถไฟฟ้าสารพัดสี ที่เป็นบทเรียนคือสายสีน้ำเงินต่อขยายบางซื่อท่าพระและหัวลำโพง-บางแค มีจุดทับซ้อนกันจนทำให้ผู้รับเหมาต้องขอต่อเวลา และค่าชดเชยร่วม 1,000 ล้านบาท

ปัจจุบันมี 3 เส้นทาง "รฟม." ต้องเร่งเคลียร์ปัญหาแบบด่วนจี๋ มีสีชมพูแคราย-มีนบุรี สีเหลืองลาดพร้าว-สำโรงและสีส้มศูนย์วัฒนธรรม-มีนบุรี(สุวินทวงศ์) เพื่อส่งมอบพื้นที่ให้ผู้รับเหมาเปิดไซต์ภายในปีนี้

"ภคพงศ์ ศิริกันทรมาศ" รองผู้ว่า การ รฟม. ด้านวิศวกรรมและก่อสร้าง กล่าวว่า ได้ประชุมหารือแก้ปัญหาใช้พื้นที่ระหว่างหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เพื่อก่อสร้างรถไฟฟ้า หลังได้มีเซ็นสัญญาก่อสร้างไปแล้ว แต่ยังไม่สามารถส่งมอบพื้นที่ให้ได้ทั้งโครงการ (ดูกราฟฟิก )

"สายสีส้ม" 23 กม. จุดมีปัญหาที่ "สถานีรามคำแหง 12" ซึ่งกทม.มีแผนสร้างสะพานข้ามแยก มีพื้นที่บางส่วนทับซ้อน ทางกทม.ให้ รฟม.เป็นผู้สร้างเสาสะพาน  250 ล้านบาท ยังไม่ได้ข้อยุติ

และช่วง "สถานีลำสาลี-สถานีคลองบ้านม้า" จะทับซ้อนโครงการต่อขยายทางยกระดับรามคำแหงของกทม.แยกลำสาลี-คลองบางชัน อยู่ระหว่างประสานรูปแบบก่อสร้าง

"ยังมีทางเชื่อมบนถนนราษฎร์พัฒนา กทม.ทำเป็นสะพานลอยเข้าถนนราษฎร์พัฒนาตรงบิ๊กซี แต่ รฟม.มีสถานีอยู่ตรงนั้นพอดี หากจะยกทางเชื่อมและสถานีสูง 8 เมตรจะมีค่าใช้จ่ายเพิ่ม 140 ล้าน กทม.จะพิจารณาดูว่า จะทำสะพานเป็นใต้ดินหรือไม่"

"สายสีเหลือง" 30.5 กม. มีปัญหา 5 จุด "สะพานข้ามแยกบางกะปิ" ทาง รฟม.-กทม.หารือกันกลางปีที่แล้ว กทม.มีแนวคิดต่างจากเดิมจะแยกโครงสร้างสะพานออกแล้ววางเสาไว้ตรงกลาง

ล่าสุด กทม.เสนอให้ทำเป็นโครงสร้างร่วมกันระหว่างสะพานและรถไฟฟ้า โดยทุบสะพานเดิมและก่อสร้างสะพานใหม่ แบ่งเป็นชั้นสำหรับสะพานข้ามแยก และรถไฟฟ้า อยู่ระหว่างการหารืองบประมาณในการปรับแบบ

"เป็นข้อเสนอที่ยาก เพราะโครงการให้เอกชนลงทุนและรับสัมปทานทั้งหมด"

สาย "สายสีชมพู" 34.5 กม. มี 2 จุด คือบริเวณหน้าศาลปกครอง และกรมการกงสุลไม่ต้องการให้บดบังทัศนียภาพ รฟม.จะพิจารณาออกแบบต่อไป

ส่วนรถไฟฟ้าที่จะสร้างต่อไป "สายสีม่วง" ช่วงเตาปูน - ราษฎร์บูรณะ 23.6 กม. ต้องเจรจากรมศิลปากรเพื่อสร้างปล่องระบายอากาศของสถานีหอสมุดแห่งชาติ และ "สายสีส้ม" ช่วงศูนย์วัฒนธรรม-บางขุนนนท์ 12.9 กม. ประสานกทม.ขอใช้พื้นที่สร้างปล่องระบายอากาศสถานีสนามหลวง และขอใช้พื้นที่บ้านมนังคศิลาสร้างทางขึ้น-ลงและใช้เป็นพื้นที่ก่อสร้างสถานียมราช